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畜牧業、養殖業使用抗生素問題值得關注，根據農委會防檢局統計，二○一五年國內畜牧用抗生素使用五百多公噸，成大臨床醫學研究所教授蘇益仁推估，動物用抗生素用量是人用的好幾倍。農委會指出，現在正逐步淘汰對人體有害的抗生素，並積極研發、引進新藥及生物疫苗或其他可替代藥物，減少藥物使用量。

畜牧業除了使用抗生素治療動物疾病，早年不少飼主在飼料中添加抗生素，預防動物感染和促進生長。近年受極端天氣影響，出現高溫等變異，國內家畜、家禽常爆發疾病，如小豬下痢、豬丹毒、牛流行熱及禽流感等。防檢局指出，養殖戶為避免細菌性疾病或繼發性感染導致損失，養殖過程中會增加預防及治療用藥，因此動物用抗生素有逐年增加趨勢。

監察院於二○○○年就針對國內抗生素濫用，糾正農委會和衛福部，目前農委會採逐步淘汰、禁用危害人體抗生素的策略。農委會至今已刪除卅六種含藥物飼料，農委會防檢局副局長施泰華表示，現在持續加強生物安全、人車進出消毒管制及疫苗接種等防疫措施。

看守台灣協會秘書長謝和霖表示，根據過去學者研究，台灣河川裡的抗生素是歐盟標準一百倍以上，問題嚴重，抗生素進到河川後，除了可能出現更難撲滅的超級細菌，也可能對生物造成影響，他建議，確實做好藥物回收，或在藥袋、藥包上標示回收方法等，有助減少環境汙染。

至於動物用抗生素，豬農黃先生表示，支持政府逐漸禁用對人體危害的抗生素，事實上，現在養殖戶也幾乎不使用這些，但現在動物疾病很多，也希望政府能夠找到替代性藥物。