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台灣受莫拉克肆虐後，不但陸地飽受摧殘，連生長於海底的珊瑚礁也遭波及。2009年台灣珊瑚礁總體檢發現，蘭嶼的活珊瑚覆蓋率從5年前的68%降至18%，中研院生物多樣性研究中心副研究員陳昭倫指出，過度漁撈與自然災害是威脅珊瑚礁生存主因，至少得花百年時間才能復原。

素有「熱帶雨林」之稱的珊瑚礁，對生物多樣性、漁業經濟、潛水活動及陸域環境的保護扮演重要角色，為了解珊瑚礁的健康狀況，今年由台灣環境資訊協會及台灣海洋環境教育推廣協會共同主辦，招募56位潛水志工紀錄台灣東北角、台東杉原，以及離島小琉球、綠島、蘭嶼、澎湖東嶼坪的16個潛水點珊瑚礁現況。

2009珊瑚礁總體檢發現，莫拉克的強大破壞力竟殃及海底珊瑚礁，尤以蘭嶼珊瑚受創最為嚴重，往年珊瑚覆蓋率都在30%以上，2004年甚至高達68%，但是到2009年卻僅剩18%。

眼見珊瑚礁大幅銳減，提倡珊瑚礁保育已20年且熱愛潛水的陳昭倫憂心表示，屬珊瑚礁魚類的石斑魚、鸚哥魚、陸頭於等，因為被捕撈殆盡，破壞海洋食物鏈，進而危及珊瑚礁生態，勢必對觀光和漁業造成嚴重衝擊。

人類的嚴重破壞以及近年極端氣候、超級颱風增加，都將加速珊瑚礁消失，陳昭倫以「被果汁機攪過」來形容莫拉克肆虐後蘭嶼珊瑚礁的「災情」，由於颱風造成的浪在海中形成強大淘翻力，將珊瑚礁連根拔起，以及山上瞬間沖刷下飽含泥沙的洪水，風災過後的蘭嶼海底，放眼所及有不少斷枝與重達數噸的大型微孔珊瑚屍體。

蘭嶼珊瑚礁面臨前所未有的存亡危機，陳昭倫呼籲，希望國人能停止過度開發海岸，並有效管制漁撈事業，預估至少要五十年，甚至百年，蘭嶼珊瑚礁才能恢復原狀。